大手監査法人出身の公認会計士（第47928号）・税理士（第159175号）が監修。個人事業主・フリーランスの記帳代行と消費税申告を年間100件以上サポートする立場から、インボイス制度の経理処理を会計ソフトの操作も含めて解説します。
インボイス制度に対応した経理をこれから始める事業者に向けて、帳簿の付け方・区分記載・保存要件を実務目線で解説します。この記事を読めば、日々の取引をどう記帳すればよいか、会計ソフトでどう処理するかが分かり、迷わず経理を回せるようになります。
🏆 結論：税率ごとに区分して記帳、1万円未満は少額特例で帳簿だけでOK
インボイス制度では、仕入税額控除を受けるために「区分記載した帳簿」と「適格請求書（インボイス）」の両方の保存が原則必要です。ただし、基準期間の課税売上高1億円以下の事業者は、税込1万円未満の取引なら「少額特例」でインボイスの保存が不要になり、帳簿だけで控除できます（2029年9月30日まで）。freeeやマネーフォワードなどの会計ソフトを使えば、税区分の設定で区分記載や少額特例の判定が自動化でき、手作業のミスを大幅に減らせます。
インボイス制度で経理は何が変わったか
インボイス制度（適格請求書等保存方式）では、仕入税額控除を受けるための要件が厳しくなりました。経理担当者がまず押さえるべきは「保存するもの」と「帳簿の書き方」の2点です。インボイス制度全体の仕組みは「フリーランスのインボイス完全ガイド」で解説しています。
仕入税額控除に必要な2つの保存
| 保存するもの | 内容 |
|---|---|
| 帳簿 | 税率ごとに区分して記載した帳簿 |
| 適格請求書等 | 取引先が発行したインボイス（請求書・領収書・レシート） |
この2つがそろって初めて、支払った消費税を控除できます。ただし、後述する少額特例に当てはまる取引は、インボイスの保存が不要になります。
帳簿の付け方｜区分記載の基本
帳簿には、取引を税率（10%・8%）ごとに区分して記載します。具体的に記載が必要な項目は次のとおりです。
- 取引の相手方の氏名または名称
- 取引年月日
- 取引内容（軽減税率8%の対象ならその旨）
- 支払対価の額
💡 実務のポイント
8%（軽減税率）と10%が混在する事業では、税率の区分が経理の肝になります。弊所のお客様で多いミスが、飲食料品（8%）と消耗品（10%）を1つの仕訳でまとめてしまうケースです。税率が違うものは仕訳を分けるか、会計ソフトの税区分を正しく設定することで防げます。
少額特例｜1万円未満は帳簿だけでOK
事務負担を軽くするため、一定規模以下の事業者には「少額特例」が設けられています。これを使えば、少額の取引でインボイスを集める手間が省けます。
📢 少額特例の概要（2029年9月30日まで）
税込1万円未満の課税仕入れは、インボイスの保存がなくても帳簿の保存だけで仕入税額控除を受けられます。適用期間は2023年10月1日から2029年9月30日までの時限措置です。届出は不要で、特別な帳簿記載も求められません。
少額特例を使える事業者
- 基準期間（2年前）の課税売上高が1億円以下
- または特定期間の課税売上高が5,000万円以下
多くの個人事業主・フリーランスはこの範囲に収まるため、少額特例を活用できます。
1万円未満の判定は「1回の取引」単位
🧮 判定の具体例
7,000円の商品と4,000円の商品を同時購入 → 合計11,000円なので対象外。
2,000円の商品を7回に分けて購入 → 1回が2,000円なので各回が対象。
判定は商品ごとではなく「1回の取引（1つの請求・支払い）」単位で行います。
⚠️ レシート分割で1万円未満にするのはNG
1万円以上の取引を、わざとレシートを分けて1万円未満に見せかける行為は認められません。あくまで実際の取引単位で判定します。意図的な分割は税務調査で否認されるリスクがあります。
確定申告ドットコム
大手監査法人出身の公認会計士・税理士が対応。
確定申告を 49,800円〜 で丸投げできます。
記帳代行から消費税申告まで一括対応。区分記載や少額特例の処理もまるごとお任せいただけます。
料金・サービスはこちらから →会計ソフトでの具体的な処理
区分記載や少額特例の判定を手作業で行うのは負担が大きいため、会計ソフトの活用が現実的です。主要ソフトの対応を整理します。
| 処理 | 会計ソフトでの対応 |
|---|---|
| 税率の区分 | 税区分（10%・8%）を選ぶだけで自動集計 |
| 少額特例の判定 | 1万円未満を自動判定し控除100%表示 |
| 免税事業者からの仕入れ | 経過措置の税区分（控除70%等）を選択 |
| 登録番号の確認 | 取引先マスタに登録番号を保存 |
freee・マネーフォワード・弥生での共通の流れ
- 取引入力時に「税区分（10%課税仕入れ等）」を選ぶ
- 取引先がインボイス登録事業者か、免税事業者かを設定する
- 1万円未満の取引は少額特例として自動的に控除100%で処理される
- 免税事業者からの仕入れは経過措置の控除割合（現行70%）が適用される
💡 実務のポイント
弊所では、会計ソフトの「取引先マスタ」に各取引先の登録番号と課税区分をあらかじめ登録しておくことをおすすめしています。これをやっておくと、毎回の仕訳で税区分が自動で正しく入り、年間を通じてミスがほぼなくなります。そもそも自分が登録すべきか迷っている段階の方は「インボイス登録すべきか判断する方法」で損得を確認し、納税方式は「インボイス2割特例完全ガイド」とあわせて検討すると判断しやすくなります。
免税事業者からの仕入れの経理処理
取引先が免税事業者の場合、インボイスがないため原則は控除できませんが、経過措置で当面は一定割合を控除できます。この場合の帳簿記載には注意が必要です。
⚠️ 経過措置には「適用の旨」の帳簿記載が必要
免税事業者からの仕入れで経過措置（現行70%控除）を使う場合、帳簿に「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」を記載する必要があります。「80%控除対象」「経過措置適用」などと記載します。これを忘れると経過措置が使えなくなります。少額特例とは別のルールなので混同しないようにしてください。
免税事業者との取引の影響や経過措置の控除割合の推移については「インボイス登録番号の取得方法」とあわせて、取引先の登録状況を確認しておくと処理がスムーズです。業種によって免税事業者との取引の多さは異なるため、業種別の事情は「業種別の確定申告ガイド」も参考になります。
適格請求書の保存方法と期間
受け取ったインボイスと、自分が発行したインボイスの控えは、いずれも保存義務があります。
| 区分 | 保存方法 |
|---|---|
| 紙で受領 | 紙またはスキャナ保存 |
| データ（PDF等）で受領 | 電子帳簿保存法に従いデータのまま保存 |
※保存期間は原則7年間です。メールで受け取ったPDFの請求書は、印刷して紙だけで保存するのではなく、データのまま保存する必要があります。
確定申告ドットコムのサポート実例
弊所では、日々の記帳代行から消費税申告まで一貫してサポートしています。実際の対応例をご紹介します。
実例1：年商600万円のフリーランスエンジニア（料金：年69,800円）
クラウドソフトの税区分設定が曖昧で、10%と8%が混在していました。取引先マスタに登録番号と課税区分を整備し、少額特例の自動判定も設定。年間を通じて区分ミスがゼロになり、消費税申告がスムーズになりました。
実例2：年商1,500万円のEC物販事業者（料金：年128,000円）
食品（8%）と雑貨（10%）を扱い、仕入れ件数が多く区分記載が煩雑でした。会計ソフトの税区分を商品カテゴリ別に自動振り分けする設定にし、月次の集計工数を大幅に削減しました。
実例3：年商480万円の個人デザイナー（料金：年49,800円）
免税事業者の外注先への支払いで経過措置の帳簿記載が漏れていました。「経過措置適用」の記載を仕訳に追加し、税務調査でも否認されない帳簿に整備。少額特例と経過措置を正しく使い分けられるようになりました。
よくある質問
まとめ：区分記載と少額特例を押さえれば経理は回る
インボイス制度の経理は、取引を税率ごとに区分して記帳し、適格請求書とあわせて保存するのが基本です。税込1万円未満の取引は少額特例でインボイスの保存が不要になり（2029年9月まで）、事務負担を大きく減らせます。免税事業者からの仕入れで経過措置を使う場合は「経過措置適用」の帳簿記載を忘れないよう注意してください。会計ソフトを活用すれば多くの判定が自動化できます。記帳や消費税申告に不安がある方は「消費税の申告は税理士に依頼すべき？」もあわせてご確認ください。正しい経理体制を整えれば、申告も税務調査も安心です。
📋 この記事のポイント
- 仕入税額控除には区分記載した帳簿とインボイスの保存が必要
- 帳簿は税率（10%・8%）ごとに区分して記載する
- 税込1万円未満は少額特例でインボイス保存不要（2029年9月まで）
- 少額特例は基準期間の課税売上高1億円以下が対象、届出不要
- 1万円未満の判定は「1回の取引」単位、レシート分割はNG
- 免税事業者からの仕入れは「経過措置適用」の帳簿記載が必要
- 会計ソフトの税区分設定で区分記載・少額特例を自動化できる
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