消費税の課税事業者は、税額の計算方法として「本則課税」と「簡易課税」のどちらかを選択できます（要件あり）。どちらが有利かは業種と経費の構成によって異なります。
本則課税とは
本則課税は、売上にかかる消費税から、仕入れ・経費にかかる消費税を差し引いて納税額を計算する方法です。実際に支払った消費税をもとに計算するため正確ですが、すべての取引について消費税区分を記帳する必要があり、事務負担が大きいです。
簡易課税とは
簡易課税は、業種ごとに定められた「みなし仕入率」を使って納税額を計算する方法です。実際の仕入れ・経費の消費税を計算する必要がないため、事務負担が軽いです。
みなし仕入率は業種によって異なります。第1種（卸売業）90%、第2種（小売業）80%、第3種（製造業等）70%、第4種（その他）60%、第5種（サービス業）50%、第6種（不動産業）40%です。
フリーランスの多くは第5種（サービス業）に該当し、みなし仕入率は50%です。
どちらが得か
実際の経費（消費税のかかる仕入れ・経費）の割合がみなし仕入率より低い場合は簡易課税が有利、高い場合は本則課税が有利です。
例えば、IT系フリーランス（サービス業・みなし仕入率50%）で、実際の経費率が30%の場合。簡易課税の方が仕入控除が多く（50%vs30%）、納税額が少なくなります。
簡易課税の届出
簡易課税を選択するには、適用したい年の前年12月31日までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出する必要があります。届出を忘れると本則課税が適用されます。
確定申告.taxでは、本則課税・簡易課税・2割特例の有利判定を行い、最も税負担が少ない方法で申告します。